Ernst Flügel, geboren in Halle an der Saale, erhielt seine erste musikalische Ausbildung vom Vater, später (ab 1859) durch den Komponisten, Dirigenten und Musikschriftsteller Carl Koßmaly in
Stettin.
Ab April 1862 war Ernst Flügel Schüler des königlichen Instituts für Kirchenmusik in Berlin. Während dieser Zeit war er schüer u.a. von Eduard Grell, Hans von Bülow und Friedrich Kiel
Hauptstationen seines Lebens waren seine Tätigkeiten als Lehrer in Treptow und Greifswalds (1863-1867), als Organist in Prenlau (1867-1879) und schließlich als Kantor an St. Bernhardin in Breslau
(1879-1908)